A colonoscopia também é uma endoscopia, no entanto, é o exame que promove a avaliação, sob visão direta, do reto, intestino grosso (cólon) e, na grande maioria dos casos o íleo terminal (parte final do intestino delgado).

Assim como a endoscopia digestiva alta, a colonoscopia é inicialmente um exame diagnóstico. Porém, com o aperfeiçoamento da técnica, a evolução dos equipamentos e o desenvolvimento de novos acessórios, passou a ser um procedimento terapêutico que permite o tratamento de muitas anormalidades, como retiradas de pólipos e de tumores precoces.

Durante a colonoscopia, pode-se diagnosticar os pólipos do cólon e do reto, os divertículos, os tumores, as angiodisplasias (mal-formações de vasos sanguíneos), as colites, como por exemplo a retocolite ulcerativa inespecífica e a doença de Crohn, entre outras.

A colonoscopia é um procedimento muito seguro. Estatisticamente, as complicações ocorrem em menos de 0,35% dos exames diagnósticos realizados.